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2025두32946 법인세경정거부처분취소 (라) 상고기각
[구 조세특례제한법상 생산성향상시설 투자세액공제 대상 투자금인지 문제된 사건]
◇구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제24조 제1항에 따른 생산성향상시설 투자세액공제 대상이 되는 ‘투자금액’의 의미와 판단 기준◇
구 조세특례제한법 제24조 제1항(이하 ‘이 사건 세액공제 조항’이라 한다)은 “내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설(이하 ‘생산성향상시설’이라 한다)에 2017. 12. 31.까지 투자하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있다.
이 사건 세액공제 조항에 따른 생산성향상시설 투자세액 공제제도는, 내국인이 생산성향상시설에 투자하는 경우 투자금액의 일부를 세액공제함으로써 생산성향상시설에 대한 기업의 투자를 촉진하여 기업의 생산성 및 경쟁력을 제고하고자 하는 데 그 취지가 있다. 이는 정책적 목적을 위하여 상당한 특혜를 주는 제도이므로 그 목적에 부합하는 범위에서 제한적으로 적용되어야 한다. 그러므로 생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 하고, 단지 취득 과정에 부수적으로 수반하여 지출된 비용이거나 취득에 간접적으로만 기여하는 비용은 이 사건 세액공제 조항에서의 투자금액에 포함되지 않는다고 보아야 한다. 그리고 이 사건 세액공제 조항이 정한 투자세액공제 대상인 투자금액에 해당하는지 여부는, 주장되는 지출이 생산성향상시설에 속하는 자산의 취득을 위한 의도에서 이루어진 것이었는지, 이러한 지출이 자산의 취득을 위해 필수적으로 요구됨에 따라 만일 그와 같은 지출이 없었더라면 생산성향상시설에 속하는 자산을 취득하는 것이 곤란하였는지, 해당 지출이 신뢰성과 정확성이 구비된 계약서, 회계자료 등의 기초자료를 토대로 다른 목적의 지출과 객관적으로 구분되고 그 구분 기준이 합리적인지 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.
☞ 원자력발전소 등을 운영하는 법인인 원고는 생산성향상시설에 속하는 자동화 시설 건설 등 과정에서 지출된 쟁점 비용이 구 조세특례제한법상 생산성향상시설 투자세액공제(이하 ‘이 사건 세액공제’) 대상인 ‘투자금액’에 해당한다는 이유로 법인세 환급을 구하는 감액경정청구를 하였는데, 과세관청인 피고는 원고가 주장하는 쟁점 비용은 대상 자동화 시설의 취득을 위해 직접 지출된 비용에 해당하지 아니하여 투자세액공제 대상인 투자금액에 포함되지 않는다는 이유로 원고의 감액경정청구를 거부하였고, 원고가 그 처분의 취소를 청구한 사안임
☞ 원심은, 구 조세특례제한법은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 국가정책목적을 달성하고자 하는 법률로서 구 법인세법과는 입법 목적이 달라, 서로 다른 기준과 목적에 따른 두 법률의 유사 개념을 일치되게 해석할 필요가 없다는 등의 이유로 구 조세특례제한법상의 이 사건 세액공제 대상인 ‘투자금액’과 구 법인세법 제41조 제1항 제2호에 따른 ‘취득가액’의 범위가 동일하다고 볼 수 없고, 이 사건 세액공제 대상이 되는 투자금액은 생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용에 한정된다는 취지로 판단하면서, 쟁점 비용 중 그에 부합하는 건설자금이자 및 시운전비 일부가 이 사건 세액공제 대상인 투자금액에 해당함을 전제로 원고에 대한 법인세 경정청구거부처분의 일부를 취소하였음
☞ 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함
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