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원고는 피고가 설치․운영하던 대학교의 교수로 재직하던 중, 임용기간 만료일 전인 1997. 7.경 재임용 대상에서 제외 결정되었다는 통지를 받고 사직의 의사를 표시하여 퇴직위로금을 수령하고 같은 해 8. 31.자로 소급하여 의원면직되었다. 그러나 그 후 위 대학교에 대한 감사결과 원고에 대한 재임용 심사업무가 부적정하였다는 사실이 발표되었고, 원고는 이에 따라 2006년경부터 위 대학교에 특별채용되어 교수로 재직하던 중, 위 의원면직결정이 사실상 재임용 거부결정에 해당함을 이유로 위 의원면직결정의 무효확인, 특별채용되기 이전의 기간 동안의 교수지위확인 및 그 결정이 불법행위에 해당함을 이유로 임금 상당의 손해배상을 청구하였다. 이에 피고는 원고가 2007. 8.경에야 이를 구하는 것은 실효의 원칙에 반하여 부적법하거나, 불법행위에 기한 손해배상채권이 시효소멸하였다는 취지로 주장하였다.
재판부는 ① 대학교원의 재임용과 관련하여서는, 기간임용제에 관한 헌법재판소의 헌법불합치결정{2003. 2. 27. 선고 2000헌바26 결정 및 2003. 3. 18. 선고 2002헌바14, 32(병합) 결정} 이전에는 재임용 거부결정에 대한 사법심사의 적격성이 인정되지 아니하였고, 위 헌법불합치결정에 따라 대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법이 2005. 7. 13. 제정된 사정 등을 감안하여, 그 재임용 거부결정의 효력을 다툴 권리의 실효 여부를 판단하여야 하고, ② 기간제로 임용된 사립대학 교원은 교원으로서의 능력과 자질에 관하여 합리적인 기준에 의한 공정한 심사를 받을 권리를 가지므로 일반적으로 재임용거부결정에 대하여 무효확인을 구할 소의 이익이 있으나, 위와 같은 무효확인의 효력은 당시의 재임용거부결정이 위법하였음을 확인하는 의미에 그칠 뿐 소급적․형성적 효력을 가지는 것이 아니어서 임용기간 만료 당시를 기준으로 소급하여 원고가 그 신분을 회복한다고 할 수 없으며, ③ 적법한 심사를 받았다면 재임용을 받을 수 있었던 사립대학 교원이 위법하게 재임용을 거부당한 경우 그 거부결정이 불법행위에 해당함을 이유로 임금 상당의 손해배상을 구할 수는 있으나, 원고가 그 재임용 거부결정 당시에 그 위법성 및 가해자를 모두 알고 있었다고 할 것이고 재임용 거부결정에 기한 불법행위는 그 거부결정 당시에 성립․완결되는 것으로서 그 때 손해의 인식도 있었다고 볼 것이어서 그 결정 당시부터 단기소멸시효가 진행된다고 판단하여, 이 사건 소 중 의원면직결정 무효확인 청구 부분은 소의 이익이 없어 각하하고, 교수지위확인 및 손해배상청구를 기각하였다.
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