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[판결요지]
[1] 이 사건 기반시설 부지가 구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당하기 위해서는, 원고가 이 사건 기반시설 부지를 취득할 당시 ‘기반시설 부지가 공공시설 부지로서 위치나 면적이 구체적으로 특정’된 상태에서 행정관청과 사이에 ‘귀속에 관한 협의’가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 등으로 ‘국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정’되어 있어야 함
[2] 이 사건 사업구역에 관한 도시개발구역 지정·개발계획 수립 및 지형도면 고시의 기반시설계획에는 각 기반시설의 위치와 면적이 구체적으로 기재되어 있었고, 원고의 피고에 대한 취득세 정산 환급 요청에 대하여, 피고는 ‘시간이 촉박함을 감안하여 취득세를 우선 납부하여 이전등기 하면, 실시계획인가 후 지방세기본법의 경정청구 규정에 따라 과오납 부분을 정산할 계획’이라는 취지로 회신하였는데, 이와 같이 기반시설 부지의 위치와 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 사업시행자인 원고와 기반시설 관리청인 피고 사이에 무상귀속을 당연한 전제로 하여 무상귀속 및 취득세 감면 협의까지 진행되었으며, 결국 이 사건 기반시설 부지가 모두 국가 등에 귀속되었다면, 이 사건 기반시설 부지는 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있어 귀속을 조건으로 취득한 부동산에 해당한다고 봄이 타당함 따라서 이 사건 기반시설 부지는 구 지방세법 제9조 제2항의 ‘국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 취득세 비과세 대상에 해당하므로, 이 사건 처분 중 기반시설 부지에 관한 환급 거부 부분은 위법함
[3] 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 입법 취지는, 국가 등에 귀속 등을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로, 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 등을 비과세하겠다는 것인데, 도시개발사업의 시행자인 원고가 기반시설 부지의 위치와 면적이 구체적으로 특정되고 관리청인 피고와 무상귀속을 당연한 전제로 한 귀속 및 취득세 감면 협의까지 진행된 상태에서 기반시설 부지를 취득하는 것은, 부지를 취득하여 기반시설을 설치한 후 그 부지 및 시설을 도시개발법 제66조 제2항에 따라 국가 등에 무상귀속하기 위한 것이고, 이는 ‘부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과하므로, 이 경우 ‘귀속을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 취득세를 비과세하는 것이 구 지방세법 제9조 제2항의 입법취지에 더욱 부합함 만약 토지 취득자가 귀속 등의 조건을 이행하지 않거나 국가 등에 귀속되지 않는 것으로 조건이 변동된다면 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제1호를 적용하여 다시 취득세를 부과할 수 있으므로 조세정의에 반할 우려가 없고, 위와 같이 구 지방세법 제9조 제2항의 본문과 단서를 해석하는 것이 그 입법취지와 목적에 부합하고 실질과세의 원칙에도 더 부합함
[4] 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 5. 8.부터 2015. 11. 8.까지 취득 부분의 경우, 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되어 2017. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 지방세특례제한법’이라 함) 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건에 해당하기 위해서는 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록하여야 하는데, 원고가 토지취득일로부터 60일이 경과한 후에야 임대사업자로 등록하여 위 규정의 임대사업자 요건을 갖추지 못하였으므로, 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용될 수 없음
[5] 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득 부분에 관하여는 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용되는데, 이 사건 사업구역의 전 구간에 걸쳐 다량의 문화재가 매장되어 있어 장기간 발굴조사 등이 진행되었고, 청동기 시대부터 조선 시대에 이르기까지의 유구가 다량 출토되었으며, 원고는 문화재청장의 문화재보존대책 통보에 따라 그 구역에서 공사를 시행할 수 없었던 사정 등을 종합하면, 원고가 이 부분 임대주택 부지를 취득한 날부터 2년 이내에 임대주택을 착공하지 않은 데에는 정당한 사유가 존재한다고 봄이 타당함
[6] 원고가 피고에게 취득세 등의 정산 환급 요청을 하자 피고는 같은 날 원고에게 구체적으로 비과세· 감면규정을 언급하면서, ‘시간이 촉박하므로 우선 취득세를 납부하여 등기를 이전하면 실시계획인가 후 경정 등의 청구 규정에 따라 필지별 면제, 감면, 미부과 사항을 정리하여 정산(과오납 반납 등) 처리할 계획’이라는 취지로 회신하였는데, 이는 피고가 원고에 대하여 우선 이 사건 개발사업 부지를 취득하고 취득세 등을 납부한 후 소유권이전등기를 마치면, 실시계획인가 후 비과세· 감면규정의 적용 요건에 해당하면 이에 따라 취득세를 감면하여 납부한 취득세 등을 환급해 주겠다는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 있으므로, 이 사건 처분 중 비과세·감면대상에 해당하는 ‘이 사건 기반시설 부지 및 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득 부분’에 관하여 원고의 취득세 등 경정청구를 거부한 부분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법함
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