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원고는 광주·전남 공동혁신도시 개발사업의 시행자로서 나주시 빛가람동 일대 잡종지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 대지로 조성하는 개발사업을 진행하였음. 원고는 이 사건 토지의 지목변경(잡종지→대지)에 따른 취득세를 신고·납부한 후, 당초신고한 과세표준에 포함된 기반시설 부담금, 기반시설 설치공사비가 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하며 신고·납부한 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 이를 거부하였음.
재판부는, 원고가 승인받은 실시계획에 따라 기반시설을 설치하거나 부담금을 납부하지 않고서는 이 사건 토지에 대한 준공검사를 받을 수 없고 지목변경 신청도 할 수 없다는 등의 이유를 들어, 원고가 부담한 기반시설 부담금, 기반시설 설치공사비는 이 사건 토지의 지목변경 또는 그로 인한 이 사건 토지 자체의 가치 증가와 관련된 비용으로서 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 과세표준이 되는 지목변경에 든 비용에 해당한다고 판시하면서, 피고가 원고의 경정청구를 거부한 것은 적법하다고 판단하였음.
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