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원고는 독일 ○○○회사로부터 항공기 부품을 수입하면서 관세법상 세율불균형물품에 해당함을 이유로 관세 및 부가가치세를 면제받아오다가, 한-EU FTA 시행으로 무관세 적용의 근거규정이 마련되자,「구 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」(2013. 1. 1. 법률 제11612호로 개정되기 전의 것)에 따른 협정관세(무관세) 적용 신청을 하였는데, 피고는 독일 ○○○회사가 한-EU FTA 적용 대상 인증수출자가 아님을 확인하고 원고에게 관세 2,049,347,110원 및 부가가치세 2,935,521,880원과 관세 가산세 334,581,380원 및 부가가치세 가산세 723,075,120원을 함께 부과하였고, 이에 원고가 종전과 같이 관세법상 세율불균형물품임을 이유로 사후감면신청을 하여 관세 본세 및 부가가치세 본세를 모두 환급받은 다음, 관세 가산세 및 부가가치세 가산세 부과처분의 취소를 구한 사안에서, 본세와 가산세는 법적 성질을 달리하는 별개의 부과처분이지만, 개별 가산세액을 어떻게 산정할 것인지는 가산세 근거법령의 규정 내용에 따라 결정되어야 할 문제임을 전제로, 이 사건 관세 가산세 및 부가가치세 가산세의 근거법령은 모두 본세의 ‘납부세액’을 기준으로 가산세액을 산정하도록 규정하고 있으므로, 원고의 사후감면신청에 따라 본세가 전액 감면·환급된 이상 납부세액을 기준으로 산정되는 이 사건 관세 가산세 및 부가가치세 가산세 역시 존재하지 않게 되었다고 보아, 위 각 가산세 부과처분이 위법하다고 판단한 사례.
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