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2022두33637 부가가치세부과처분등취소 (사) 파기환송(일부)
[위‧수탁협약에 따라 용역을 제공하고 사업비 등을 지급받은 사안에서 매입세액 공제 여부 등이 문제된 사건]
◇ 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)상 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액인 ‘제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’의 의미◇
구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항 본문은 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항은 ‘법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 사업자의 인적사항, 사업자등록신청사유, 사업개시연월일 등의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있다.
구 부가가치세법 제5조 제4항은 ‘제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다‘고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제11조 제1항은 ‘사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자등록의 정정사항 등을 기재한 사업자등록정정신고서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다‘고 규정하면서, 사업자등록정정신고 사유 중 하나로 제4호에서 ’사업의 종류에 변동이 있는 때‘를 들고 있다. 그리고 구 부가가치세법 제5조 제5항은 ’사업자가 폐업한 때에는 사업장 관할세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하여야 한다‘고 규정하고 있다.
한편 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제5호 본문(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 본문도 동일한 취지이다. 이하 통틀어 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 ‘제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있는데, 여기서 ‘제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’은 적법한 등록신청을 하기 전의 매입세액을 의미한다(대법원 1999. 10. 22. 선고 97누15814 판결 등 참조).
☞ 원고 보조참가인은 원고와 위ㆍ수탁협약을 체결하였고, 원고는 사업단을 설치하여 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행(이하 ‘이 사건 용역’)하면서, 원고 보조참가인으로부터 사업비(이하 ‘이 사건 사업비’)와 위탁수수료를 수취하였는데, 원고의 본점은 위탁수수료 부분만을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였고, 원고의 사업단은 위 사업을 부가가치세 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았음. 원고는 2002. 1. 4. 면세사업자로 등록신청하여 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다가, 2002. 4. 18. 사업자등록정정신고서를 제출하여 과세사업자용 사업자등록증을 발급받았고, 2003. 6. 12. 다시 사업자등록정정신고서를 제출하여 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았는데, 과세관청이 원고가 이 사건 사업비를 부가가치세 과세표준에서 누락하였다고 보아 부가가치세를 부과ㆍ고지한 사안임
☞ 원심은, 2003. 6. 12. 원고가 과세사업자에게 면세사업자로 사업자등록정정신고를 함으로 인해 원고의 기존 과세사업자 사업자등록의 효력이 소멸하였다는 전제에서 이 사건 용역 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 부가가치세 부과처분이 적법하다고 판단하였음
☞ 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 이 사건 용역과 관련한 매입세액은 비록 원고가 2003. 6. 12. 면세사업자로 사업자등록정정신고를 한 이후에 발생한 것일지라도 이 사건 조항의 ‘제5조에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하지 않는다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
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