대         법         원

제    3    부

판         결

사       건	2026두30644  부가가치세 부과처분 취소청구의 소

원고, 상고인	○○○코리아 유한회사

소송대리인 변호사 김소영 외 5인

피고, 피상고인	분당세무서장

소송대리인 법무법인 가온

담당변호사 이승준

원 심 판 결	수원고등법원 2026. 2. 13. 선고 2025누716 판결

판 결 선 고	2026. 9. 23.

주       문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

이       유

상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 따르면, 다음 사실을 알 수 있다.

가. (외국회사명 1 생략)(이하 ‘이 사건 판매회사’라 한다)은 미국의 (외국회사명 2 생략)이 생산한 반도체 제조장비를 △△△ 주식회사 등 국내 반도체 제조ㆍ생산 회사에 판매하는 회사이다.

나. 원고는 위 회사들의 국내 관계회사로서, 이 사건 판매회사와 체결한 계약에 따라 이 사건 판매회사의 국내 고객사에 대한 판매지원 서비스, 반도체 제조장비의 설치 및 하자 보증 서비스 등의 사업을 영위하고 있다.

다. 이 사건 판매회사가 국내 고객사에 반도체 제조장비를 공급하는 과정에서 누락되거나 잘못 장착된 부품의 추가 공급 또는 교체에 소요되는 이 사건 부품을 국내에 무상으로 반입할 때 원고는 그 수입신고인이었다. 국내 고객사는 이 사건 판매회사에 이미 지급한 반도체 제조장비의 구매대금에 이 사건 부품의 대금이 포함되어 있다는 이유로, 이 사건 부품의 수입에 관하여 원고 또는 이 사건 판매회사에 별도 대가를 지급하지는 않았다.

라. 원고는 세관장에게 이 사건 부품과 관련하여 ‘관세의 과세가격 및 제세를 합한 금액’을 부가가치세 과세표준으로 하여 수입부가가치세를 신고ㆍ납부하였고, 세관장으로부터 원고를 수입자로 한 수입세금계산서를 발급받아 해당 수입부가가치세액을 원고의 매출세액에서 매입세액으로 공제받았다.

마. 피고는, 이 사건 부품의 수입거래 당사자는 원고가 아닌 이 사건 판매회사와 국내 고객사로서 해당 수입부가가치세액은 매입세액으로 공제될 수 없다는 이유로, 2021. 7. 1., 2022. 1. 12. 및 같은 해 4. 5. 원고에게 2016년 제1기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세 합계 15,369,712,490원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 부품 수입이 원고의 자기 사업을 위한 것으로 사업 관련성을 인정할 수 있는지 여부 등(제2, 3 상고이유 관련)

가. 관련 규정 및 법리

1) 부가가치세법 제37조는 제1항에서 매출세액을 ‘제29조에 따른 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액’으로 규정하고, 제2항에서 ‘부가가치세 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 뺀 금액으로 하고, 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액을 환급세액으로 한다’고 규정하고 있다. 부가가치세법 제38조 제1항은 각 호에서 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’(제1호), ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액’(제2호)을 들고 있고, 부가가치세법 제39조 제1항 제4호는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

2) 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조 하에서 부가가치세법 제38조 제1항은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할’ 목적의 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있다. 부가가치세법 제39조 제1항 제4호에서 말하는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조).

이와 같이 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 부가가치세법 제38조 제1항, 제39조 제1항 제4호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두12552 판결 등 참조).

나. 판단

1) 원심은 다음과 같은 이유로, 이 사건 부품은 원고의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입되는 재화에 해당한다고 볼 수 없으므로 사업 관련성을 인정할 수 없고, 이 사건 부품에 대한 수입부가가치세액의 매입세액 공제를 부인하더라도 부가가치세법상 전단계세액공제 제도에 반하지 않는다고 판단하였다.

가) 애초에 이 사건 부품은 이 사건 판매회사와 국내 고객사 사이에 체결된 장비판매계약의 대상물인 반도체 제조장비에 포함된 것으로서 위 계약의 이행 차원에서 수입되는 것이므로, 그 거래의 당사자는 이 사건 판매회사와 국내 고객사이다. 따라서 이 사건 부품을 수입하여 국내 고객사에 인도할 의무는 원고가 아닌 이 사건 판매회사에 있다.

나) 이 사건 부품의 대금은 반도체 제조장비 대가에 포함되어 국내 고객사에서 이 사건 판매회사로 직접 지급되고, 원고는 이 사건 판매회사와의 판매지원 서비스 계약에 따라 이 사건 부품의 수입에 소요되는 관세 등 비용을 지출한 다음 이를 이 사건 판매회사에 청구하여 상환받는다.

위 판매지원 서비스 계약에 따르면, 화물운송, 관세ㆍ부가가치세 납부 및 보험료 지급, 선적 등에 대한 책임은 이 사건 판매회사가 단독으로 부담하고, 원고는 단지 이 사건 판매회사의 이 사건 부품 수입 및 인도를 지원하는 역할을 수행한다. 2019 사업연도 원고의 개별기업보고서에 의하더라도, 판매와 관련한 모든 의사결정은 이 사건 판매회사에 의해 이루어지고, 원고는 이 사건 판매회사와 국내 고객사 사이의 중개자 또는 의사전달 창구 역할만 수행할 뿐이다.

다) 이처럼 이 사건 부품의 수입에 따른 경제적 손익이 원고가 아닌 이 사건 판매회사에 실질적으로 귀속되는 이상, 이 사건 부품의 수입은 원고가 독립적인 사업자로서 자기의 계산과 책임에 의해 영위하는 사업 활동으로 보기 어렵고, 원고는 이 사건 부품의 수입 및 인도를 지원하는 과정에서 이 사건 판매회사의 채무 이행을 보조하는 지위에 있을 뿐이다.

라) 전단계세액공제의 관점에서 살펴보더라도, 원고가 이 사건 판매회사로부터 받는 수수료 액수는 이 사건 부품의 수입 및 인도 지원, 설치 용역의 유무와 무관하게 미리 정해진 것이고, 이 사건 부품의 수입으로 인하여 사후적으로 증가하지도 않는다. 원고가 받는 수수료는 이 사건 부품 자체의 가치나 거래 위험과는 분리되어 있으므로, 이 사건 부품에 관한 수입부가가치세액이 원고의 매출세액으로 전가된다고 평가하기 어렵다.

2) 원심판결 이유를 앞서 본 규정 및 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 서비스위탁계약의 이행을 위한 부품 수입의 ‘사업관련성’ 및 전단계세액공제 제도에서의 매입세액 공제요건에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 원고가 이 사건 부품의 수입자로 기재된 수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부(제1 상고이유 관련)

가. 관련 규정 및 법리

부가가치세법 제35조 제1항은 ‘세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 ‘수입세금계산서’라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다‘고 규정하고 있다. 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있고, 제32조에서는 이러한 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있다.

부가가치세법 제35조 제1항에 의하여 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 발급받아야 할 ‘수입자’라 함은 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다. 그러므로 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 발급받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다[대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두11539, 2009두11546(병합) 판결 등 참조].

나. 판단

원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 부품의 거래당사자는 반도체 제조장비의 거래당사자와 동일하게 이 사건 판매회사와 국내 고객사이고, 원고는 이 사건 부품 수입에 관하여 이 사건 판매회사에 종속되어 그의 의무를 이행하는 지위에 있을 뿐 실질적인 수입자라고 볼 수 없으므로, 원고를 이 사건 부품의 수입자로 하여 작성된 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그에 대한 매입세액을 공제하지 아니한 것은 타당하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정 및 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 무환수입 거래의 수입자 개념 및 판단기준에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 결론

상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	엄상필

주 심 대법관	오석준

대법관	이숙연