대         법         원

제    2    부

판         결

사       건	2024두37008  종합소득세부과처분취소

원고, 피상고인	원고

소송대리인 법무법인(유한) 세종

담당변호사 백제흠 외 3인

피고, 상고인	청주세무서장

원 심 판 결	대전고등법원 2024. 1. 31. 선고 (청주)2023누50128 판결

판 결 선 고	2026. 3. 12.

주       문

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

이       유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

1. 제1, 3 상고이유에 대한 판단

가. 관련 규정 및 법리

1) 법인세법 제52조 제1항은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.”라고 하면서, 제4항에서 “제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 이에 따른 법인세법 시행령 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형으로 제1호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)에서 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우’를 들고 있으며, 제89조 제5항 본문은 “제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.”라고 규정한다. 나아가 법인세법 제41조 제1항 및 제2항에 따라 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액과 관련하여, 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목은 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 해당 자산의 시가를 취득가액으로 하도록 규정하고, 같은 조 제4항 제3호는 위 제2항을 적용할 때의 취득가액에는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호의 규정에 의한 시가초과액을 포함하지 아니하는 것으로 규정한다.

한편 법인세법 제67조는 법인세 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분하도록 규정하고 있다. 이에 따른 법인세법 시행령 제106조 제1항은 “법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다.”라고 하면서, ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우’에는 그 귀속자에 따라 ‘배당, 상여, 기타소득, 기타 사외유출’로 소득처분하고(제1호), ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우’에는 ‘사내유보’로 소득처분하도록 규정한다(제2호).

2) 현물출자는 회사의 설립이나 신주 발행 시에 발기인 또는 신주인수인(이하 ‘출자자’라 한다)이 회사(이하 ‘피출자법인’이라 한다)에 금전 이외의 재산을 출자하는 것으로서, 출자자가 피출자법인에 재산을 이전하는 거래와 그에 대한 대가로 피출자법인으로부터 주식 또는 지분(이하 ‘주식 등’이라 한다)을 배정받아 피출자법인의 주주 또는 사원이 되는 거래가 결합하여 일체로 이루어진다. 따라서 현물출자는 기본적으로 ‘법인의 자본을 증가시키는 거래’의 성격을 가지는 것이지만, 그 자본의 출자가 출자자의 재산이라는 현물에 의하여 이루어지므로 그러한 한도에서 ‘자산을 유상으로 양도하는 손익거래’의 성격도 함께 가진다. 그 결과, 피출자법인이 출자자의 재산을 시가보다 높은 가액으로 양수한 경우에는 재산이 과다계상되어 피출자법인의 조세부담을 부당하게 감소시킬 수 있으므로, 이를 시정하고자 이 사건 법률조항에 따른 부당행위계산 부인에 의하여 그 시가초과액을 자산의 취득가액에서 제외하는 한편 피출자법인의 익금에 산입하는 것이다.

다만 그와 같은 피출자법인의 익금산입액이 현물출자 과정에서 사외로 유출되어 출자자에게 귀속되었는지를 판단할 때는, 자본거래와 손익거래가 대가관계를 가지면서 병존하는 현물출자의 특성을 고려하여, 출자한 재산이 시가보다 높은 가액으로 평가되었는지 여부만으로 결정할 것이 아니라 출자한 재산의 시가와 피출자법인으로부터 인수한 주식 등 시가의 차액, 즉 교환차익이 존재하는지도 함께 살펴보아야 한다. 출자자가 출자한 재산의 가액이 시가보다 높게 평가되었더라도 그에 대한 대가로 피출자법인이 발행하여 출자자에게 배정한 주식 등의 발행가액 역시 현물출자 재산의 고평가된 가치만큼 높게 평가된 경우라면 이는 단지 장부상으로 자산과 자본금이 함께 과다계상되어 있는 상태에 불과하다. 이러한 경우에는, 앞서 본 교환차익의 존재 등 부당행위계산 부인으로 인한 피출자법인의 익금산입액이 종국적으로 사외로 유출되었다는 사정이 과세관청에 의해 추가로 증명되지 않는 한, 시가초과액에 해당하는 피출자법인의 자산이 실제로 사외유출된 것으로 볼 수 없다.

나. 판단

1) 원심은 그 채택 증거를 종합하여, 원고가 농업회사법인 ○○ 유한회사(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)에 서귀포시 안덕면 △△리 (지번 1 생략) 과수원 2,979㎡, 같은 리 (지번 2 생략) 과수원 3,319㎡(이하 위 각 토지를 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 21억 5,000만 원으로 평가하여 현물출자(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다)한 사실, 원고는 그에 대한 대가로 이 사건 회사로부터 1좌의 금액을 10,000원으로 하여 출자좌수 215,000좌(이하 ‘이 사건 지분’이라 한다)를 부여받은 사실, 피고는 이 사건 현물출자가 이 사건 법률조항의 ‘시가보다 높은 가액으로 현물출자받은 경우’에 해당한다고 보아 이 사건 회사에 대하여 이 사건 각 토지의 평가액과 시가의 차액인 950,308,000원(이하 ‘이 사건 차액’이라 한다)을 원고에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하고, 원고에게 2015년 귀속 종합소득세를 부과하는 이 사건 처분을 한 사실을 인정하였다.

2) 나아가 원심은 다음과 같은 이유로, 이 사건 현물출자 과정에서 이 사건 회사로부터 이 사건 차액 상당의 자산이 사외유출된 것으로 볼 수 없다고 판단하였다.

가) 피고는 이 사건 지분의 가액이 액면 합계액임을 전제로 원고가 이 사건 차액 상당을 소득으로 얻었다고 보아 이 사건 소득금액변동통지를 하였다. 과세표준 계산에 관하여 실질과세 원칙을 규정한 국세기본법 제14조 제2항은 원고가 이 사건 차액 상당의 소득을 얻었는지 결정할 때에도 적용되어야 할 것이므로, 이 사건 소득금액변동통지가 적법하기 위해서는 이 사건 지분의 액면 합계액이 그 지분의 실질적 가치와 동일하다는 점이 증명되어야 한다. 그런데 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 지분의 실제 가치는 물론이고 그 액면 합계액이 이 사건 회사의 객관적 가치를 적정하게 반영한 정상적인 거래실례에서의 거래가격과 일치한다는 점을 인정할 수 없다.

나) 신설법인이 설립 과정에서 부동산을 현물출자 받은 경우에는, 피출자법인에 다른 자산이 없는 이상 아직 손익이 발생하기 전이므로 출자자가 현물출자 과정에서 취득한 주식 등의 가액은 출자된 부동산의 시가 합계액과 크게 다르지 않다고 봄이 타당하다. 법인세법 제41조는 내국법인이 매입 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액을 정하는 방법에 관하여 정하고 있는데, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호 가목은 ‘출자법인이 현물출자로 인하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식 등만 취득하는 현물출자의 경우’ 출자법인이 취득하는 주식 등의 취득가액은 ‘현물출자한 순자산의 시가’라고 규정하고 있다. 이와 같이 내국법인이 신설법인에 대한 현물출자로 취득한 주식 등의 취득가액을 주식 등의 액면가가 아니라 현물출자한 순자산의 시가로 평가하도록 한 법인세법령의 규정은, 이 사건에서처럼 법인이 아닌 개인이 현물출자를 하고 주식 등을 취득하는 경우 그 취득가액을 평가함에 있어서도 고려될 필요가 있다.

다) ｢상속세 및 증여세법｣(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제63조 제1항, 상증세법 시행령 제54조 제1항은 신설법인이 발행한 비상장주식의 가액을 1주당 순자산가치로 평가하도록 규정하고 있다. 비상장주식의 가액 평가방법에 관하여 법인세법이나 소득세법에서 별도의 규정을 두지 아니한 이상, 비상장주식 평가방법에 관한 상증세법령 규정의 내용 역시 이 사건에서 충분히 참고할 만하다.

3) 원심판결 이유를 앞에서 본 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 부당행위계산 부인으로 인한 소득처분에 있어 사외유출 및 그 귀속에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

2. 제2 상고이유에 대한 판단

이 부분 상고이유는, 원심의 판단과 같이 이 사건 차액의 사외유출 여부를 판단함에 있어서 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 및 같은 조 제2항에 의해 순자산가치에 따라 평가한 이 사건 지분의 가액이 고려되어야 한다고 하더라도, 상증세법 시행령 제55조 제1항 후문(이하 ‘이 사건 후문규정’이라 한다)에서 순자산가액을 계산할 때 보충적 평가방법에 의하여 평가한 해당 법인의 자산가액이 ‘장부가액’보다 적은 경우에는 그 ‘장부가액’으로 하도록 규정하고 있는바, 여기에서의 ‘장부가액’은 ‘기업회계상 장부가액’을 의미한다고 보아야 하므로, 보충적 평가방법에 따라 평가한 이 사건 각 토지의 가액이 이 사건 회사의 기업회계상 장부가액에 미치지 못하는 이상 이 사건 지분의 가액은 이 사건 후문규정에 따라 이 사건 각 토지의 기업회계상 장부가액을 기준으로 산정하여야 한다는 취지이다.

그러나 원심은 이 사건 지분의 가액이 이 사건 각 토지의 시가와 크게 다르지 않아 그 액면 합계액에 이른다고는 보기 어렵다고 판단하면서, 그 논거들 중 하나로서 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 따른 비상장주식 평가방법을 참고할 수 있다고 언급한 것에 불과하다. 나아가 살펴보더라도, 이 사건 후문규정의 ‘장부가액’은 기업회계상 장부가액이 아니라 그 문언대로 취득가액을 기초로 계산한 가액을 의미하고, 이때 취득가액은 특별한 사정이 없는 한 실제로 해당 재산을 취득하기 위하여 지급한 금액을 의미한다고 해석함이 타당하다(대법원 2024. 9. 12. 선고 2024두41069 판결 참조). 그렇다면 이 사건 후문규정에 따른 이 사건 각 토지의 ‘장부가액’은 현물출자 대가로 교부된 이 사건 지분에 관한 ‘시가’로서의 가액을 의미할 뿐 피고가 부당행위계산 부인의 대상으로 삼은 이 사건 각 토지의 고평가된 가액 자체를 의미하는 것이 아니다.

따라서 이 사건 지분의 가액이 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 따라 이 사건 회사의 순자산가치에 의해 평가되어야 한다는 취지의 원심 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 상증세법에 따른 비상장주식의 평가에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 결론

상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하게 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	오경미

대법관	천대엽

대법관	권영준

주 심 대법관	엄상필