대         법         원

제    1    부

판         결

사       건	2021두51041  법인(원천)세 징수처분 취소청구

원고, 상고인	○○○ 주식회사

소송대리인 변호사 하태흥 외 2인

피고, 피상고인	천안세무서장

원 심 판 결	대전고등법원 2021. 8. 20. 선고 2020누12610 판결

판 결 선 고	2026. 2. 12.

주       문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

이       유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는, 네덜란드 법인 소외 회사가 2004. 8. 5. 기존 내국법인 주주로부터 원고 발행주식(이하 ‘이 사건 구주’라 한다)을 전부 양수함에 따라 외국인투자기업으로 등록되었다.

나. 이후 원고는 4차례 유상증자를 통하여 소외 회사로부터 자본을 조달하면서 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의2에 따라 각 조세감면을 신청하였다. 그런데 1, 2차 증자를 통하여 영위하고자 하는 반도체장비 제조업(이하 ‘이 사건 감면사업’이라 한다)은 기획재정부장관으로부터 조세감면결정을 받았으나, 3, 4차 증자를 통하여 영위하고자 하는 사업에 대하여는 조세감면 대상사업에 해당하지 않는다는 결정을 통지받았다(이하 3, 4차 증자로 소외 회사가 취득한 원고 주식을 ‘이 사건 3, 4차 증자주식’이라 한다).

다. 원고는 2011~2014 사업연도에 발생한 이익잉여금을 재원으로 소외 회사에 2015. 12. 9. 및 2016. 4. 25. 합계 약 847억 원의 배당금(이하 ‘이 사건 배당금’이라 한다)을 지급하고, 이에 대한 법인세를 원천징수하여 납부하였다. 당시 원고는 ① 이 사건 감면사업을 다른 사업과 구분경리하여 이 사건 감면사업을 기준으로 계산한 외국인투자비율(1, 2차 증자분 외국인투자 자본금을 1, 2차 증자분 총자본금으로 나눈 비율로, 이 사건의 경우 소외 회사가 단독 투자자이므로 100%이다)에 해당 사업연도의 감면율을 곱한 감면비율을 적용하여 감면대상 배당금을 산출한 후, ② 이 사건 배당금 총액에서 감면대상 배당금을 공제한 과세대상 배당금에 대하여 법인세법상 원천징수세율 20%보다 낮은 ｢대한민국 정부와 네덜란드 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약｣(이하 ‘이 사건 조세조약‘이라 한다)상 제한세율 10%를 적용하여 산출한 세액을 원천징수세액으로 납부하였다.

라. 피고는 원고가 이 사건 배당금에 관하여 감면대상 배당금을 과다하게 산출함으로써 소외 회사의 배당소득에 대한 원천징수세액을 과소납부하였다는 이유로, 2018. 6. 4. 원고에게 2015, 2016 사업연도 귀속 법인세 합계 약 77억 원(가산세 포함)의 납부를 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 피고는 이 사건 처분을 하면서 ① 원고가 적용한 100%의 외국인투자비율 대신 총자본금을 기준으로 계산한 감면대상투자금 비율(1, 2차 증자분 외국인투자 자본금을 원고의 전체 총자본금으로 나눈 비율로서 약 44%이다)을 적용하여 감면대상 배당금을 산출한 후, ② 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제116조의2 제13항에 따라 ‘과세대상 배당금에 법인세법상 원천징수세율 20%를 적용한 금액’과 ‘이 사건 배당금 총액에 이 사건 조세조약상 제한세율 10%를 적용한 금액’을 비교하여 그중 적은 금액으로 원천징수세액을 산출하였다.

2. 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항의 감면요건에 대하여

가. 관련 규정 및 법리

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장ㆍ축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

법령의 어느 조항이 특정 사항에 관하여 규율하고 있는 다른 조항을 준용한다고 규정할 때 그 ‘준용’한다는 취지는, 특정 사항에 관한 다른 조항을 기계적으로 그대로 적용한다는 뜻이 아니라 규율의 내용과 성질에 반하지 않는 범위 안에서 그 다른 조항을 필요한 변경 후 적용한다는 의미로 새겨야 한다(대법원 2016. 8. 30. 선고 2015도13103 판결 등 참조).

2) 구 조세특례제한법 제121조의2(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다) 제1항은 각 호에서 정하는 감면대상사업을 영위하기 위한 일정한 외국인투자에 대하여 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면하도록 규정하고 있다. 그에 따라 이 사건 감면규정 제2항은 ｢외국인투자 촉진법｣에 따른 외국인투자기업의 법인세 또는 소득세의 경우 감면대상사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되 해당 법인세 또는 소득세 상당 금액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 곱하여 감면대상세액을 산정하도록 규정하고 있고, 제3항은 ｢외국인투자 촉진법｣에 따른 외국투자가가 취득한 외국인투자기업의 주식 등에서 생기는 배당금 등에 대한 법인세 또는 소득세의 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면대상사업을 함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하도록 규정하고 있다. 그리고 이 사건 감면규정 제6항 본문은 ‘외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세 등의 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다’고 규정하고 있고, 제8항 본문은 ‘기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면 여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다’고 규정하고 있다.

위와 같이 이 사건 감면규정 제2항은 외국인투자비율을 곱하여 감면대상세액을 산정하도록 규정하는 한편, 이 사건 감면규정 제3항에서는 외국인투자기업이 지급하는 전체 배당금 중 외국투자가에게 지급하는 배당금에 대한 법인세 등을 감면대상으로 삼도록 규정하고 있다. 이러한 규정들의 문언과 내용 및 체계 등을 종합하면, 이 사건 감면규정 제2항의 외국인투자비율과 이 사건 감면규정 제3항의 외국투자가가 취득한 주식은 이 사건 감면규정 제6항, 제8항에 따라 외국인투자에 대해 감면결정이 이루어지는 것을 공통적인 바탕으로 한다고 볼 수 있다. 이는 감면대상사업에서 발생하는 소득 가운데 외국인투자가 실질적으로 기여한 부분에 한정해서만 감면이 이루어지도록 하기 위한 취지이다. 같은 견지에서 외국투자가 또는 외국인투자기업이 이 사건 감면규정 제6항에 따라 조세감면신청을 한 후 이 사건 감면규정 제8항에 따른 조세감면결정을 받아야 하는 것은, 요식적인 절차에 그치지 아니하고 이 사건 감면규정 제2항, 제3항에 따른 법인세 감면과 관련하여 감면대상사업에서 발생하는 소득 중 외국인투자가 실질적으로 기여한 부분을 도출하기 위한 필수적인 전제에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 감면규정 제2항, 제3항에 의한 외국인투자가 또는 외국인투자기업에 대한 법인세 등의 감면은, 위와 같은 조세감면결정에 따라 해당 외국인투자가 감면대상으로 인정받은 경우에 한하여 적용될 수 있고, 감면대상으로 인정받지 아니한 외국인투자에 대하여는 별도로 조세감면결정이 이루어지는 등의 특별한 사정이 없는 한 이 사건 감면규정 제2항, 제3항에 의한 감면을 적용받을 수 없다고 보아야 한다.

나아가 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 본문은 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 이 사건 감면규정을 준용한다고 규정하고 있다. 그러므로 앞서 본 규정들은 외국인투자기업이 증자하는 경우에도 증자 국면에 부합하는 필요한 변경을 거쳐 그 취지에 맞게 적용되어야 한다. 이에 따라 외국인투자기업이 증자와 관련된 감면대상사업을 하여 이를 통해 창출된 소득을 재원으로 배당을 하는 경우, 이 사건 감면규정 제3항에 따른 조세감면은 이 사건 감면규정 제6항, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 증자 사업에 관한 외국인투자로 해당 외국투자가가 취득한 주식에 터잡아 수취하는 배당금 부분에 한정하여 이루어져야 한다.

나. 판단

원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 감면규정 제3항에 따른 조세감면대상은 조세감면결정을 받은 이 사건 감면사업을 위한 신규 투자로 배정받은 주식에서 생기는 배당금에 한정된다는 전제에서, 이 사건 배당금 중 이 사건 구주에서 생기는 배당금 및 이 사건 3, 4차 증자주식에서 생기는 배당금은 이 사건 감면규정 제3항의 조세감면 적용이 배제된다는 취지로 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 배당금에 대한 법인세의 감면대상 배당금을 산정하는 과정에서 외국투자가인 소외 회사가 보유한 전체 주식 중에서 이 사건 감면사업에 대한 감면결정 당시 신고된 외국인투자에 따라 취득한 주식이 차지하는 비율을 반영하여 즉, 이 사건 구주 및 이 사건 3, 4차 증자주식으로부터 배당받는 비율만큼을 공제하는 방식으로 계산함이 타당하다고 판단한 것은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 감면규정 제3항의 감면요건 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 제한세율의 적용방법에 대하여

가. 구 조세특례제한법 시행령 제116조의2 제13항(이하 ‘이 사건 산출규정’이라 한다) 전문은 이 사건 감면규정 제3항에 따른 외국투자가의 배당금에 대한 법인세의 감면액은 해당 외국인투자기업의 각 과세연도 소득 중 감면대상사업에서 발생한 소득의 비율에 따른 배당금에 대한 법인세에 해당 과세연도의 감면율을 곱하여 계산된 금액으로 하되, 조세조약에 따른 제한세율이 적용되는 외국투자가의 경우에는 감면을 적용한 후의 전체 배당금에 대한 법인세와 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제29조에 따라 전체 배당금에 대하여 제한세율을 적용하여 계산한 법인세 중 적은 금액을 해당 배당금에 대하여 납부할 세액으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 ｢국제조세조정에 관한 법률｣(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항은 조세조약의 규정상 외국법인의 국내원천소득 중 배당에 대해서는 조세조약상의 제한세율과 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 세율 중 낮은 세율을 적용한다고 규정하고 있다.

그리고 이 사건 조세조약 제10조 제2항 (가)목은 ‘일방국의 거주자인 법인이 타방국의 거주자에게 지급하는 배당은 동 배당을 지급하는 법인이 거주자로 되어 있는 국에서 동 국의 법에 따라 과세될 수 있다. 그러나 그렇게 부과되는 조세는, 배당 수취인이 자본금의 전부 또는 일부가 지분으로 나누어지고 배당을 지불하는 법인의 자본금의 최소한 25퍼센트를 직접 소유하는 법인인 경우에는 총 배당액의 10퍼센트를 초과할 수 없다’고 규정하고 있다.

나. 원심은 판시와 같은 이유로, 원고가 이 사건 배당금에 대하여 납부하여야 할 원천징수세액은 이 사건 산출규정에 따라 ‘이 사건 감면규정 제3항에 따른 조세감면을 적용한 후의 과세대상 배당금에 국내법상 세율을 적용한 금액’과 ‘이 사건 배당금 총액에 대하여 이 사건 조세조약상 제한세율을 적용한 금액’ 중 적은 금액으로 산정하여야 한다고 보아, 위 과세대상 배당금에 이 사건 조세조약상 제한세율인 10%를 적용하여 원천징수세액을 계산하여야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.

원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 감면규정 제3항에 따른 세액계산에 있어 제한세율의 적용방법 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

4. 결론

상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	노태악

대법관	신숙희

주 심 대법관	마용주