대         법         원

제    3    부

판         결

사       건	2024두60435  부가가치세경정거부처분 취소소송

원고, 상고인	주식회사 ○○○

소송대리인 변호사 정병문 외 4인

피고, 피상고인	남대문세무서장

원 심 판 결	서울고등법원 2024. 10. 10. 선고 2024누34537 판결

판 결 선 고	2025. 9. 11.

주       문

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이       유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 토목사업, 주택건설사업 등을 영위하는 회사로, 2007. 11. 23. 소외 1 회사 등과 서울 마포구 △△동 (지번 1 생략), (지번 2 생략) 일대 △△균형발전촉진지구 2구역에 도시환경정비사업으로서 복합시설 건축사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하기로 하는 약정을 체결하였다. 이에 따르면 소외 1 회사 등은 사업시행자로서의 업무를 담당하고, 원고는 시공자로서 건설공사 및 책임준공, 개발사업대출(Project Financing) 연대보증 또는 채무인수 등을 담당하기로 하였다.

나. 그 후 이 사건 사업에 관하여 사업시행자 지위에 있는 소외 2 회사는 2013. 7. 19. 대여자들과 대출 한도 3,000억 원, 만기일 2016. 10. 20.로 하는 대출계약을 체결하였고, 원고는 책임준공의무를 이행하지 않는 경우 소외 2 회사의 대출원리금 상환채무를 확정적ㆍ중첩적으로 인수하기로 약정하였다(이하 ‘선행대출’이라 한다).

다. 한편 원고는 2013. 9. 9. 소외 2 회사로부터 이 사건 사업을 위한 건축물 신축공사를 도급받는 계약을 체결하였다. 원고는 위 도급계약에 따라 2013. 10.경 공사를 시작하여 2016. 7. 14. 사용승인을 받았는데, 소외 2 회사로부터 공사대금 103,004,201,000원(부가가치세 포함, 이하 ‘이 사건 공사대금’이라 한다)을 전혀 지급받지 못하였다.

라. 소외 2 회사는 선행대출 상환을 위해 2016. 11. 16. 소외 3 회사 등으로부터 365억 원을 추가로 대출받았고, 원고는 위 대출원리금 채무를 인수하였다(이하 ‘추가대출 약정’이라 한다). 추가대출 약정에서는 추가대출금의 집행순서를 대출원리금 상환이 이루어진 후에 원고의 대여금, 공사비 순으로 변제가 이루어지도록 하였다.

소외 2 회사는 원고로부터, 추가대출 약정일 다음 날인 2016. 11. 17. 선행대출 상환 목적으로 415억 원, 2016. 11. 18. 소외 2 회사의 운영자금 사용 목적으로 75억 원 합계 490억 원(이하 ‘이 사건 대여금’이라 한다)을 대여받았다.

마. 소외 2 회사는 추가대출 약정 및 이 사건 대여금, 분양수입으로 선행대출금 중 잔금 900억 원을 상환한 뒤에, 이 사건 건축물 분양을 통해 2017. 8. 17.부터 2018. 3. 16.까지 추가대출금 365억 원을 상환하고, 2018. 4.경부터 2020. 2.경까지 5차례에 걸쳐 원고에게 484억 원을 지급하였으며, 원고는 위 돈을 이 사건 대여금 채권의 변제에 충당하였다.

바. 소외 2 회사는 분양수입금액(총 3,502억 원)으로 대출 원리금(3,931억 원) 상환이 어렵다는 등의 이유로 2021. 4. 19. 서울회생법원에서 2021하합100056호로 파산선고를 받았다. 위 파산절차에서 확인된 소외 2 회사의 청산가치는 1억 3,200만 원에 불과하였고, 원고는 당시까지의 이 사건 공사대금 103,004,201,000원, 이 사건 대여금 중 잔금 600,000,000원을 변제받지 못하는 등 원고가 보유한 파산채권의 합계는 111,374,496,327원이었다.

사. 원고는 이 사건 공사대금 103,004,201,000원을 법인세법상 2021 사업연도의 대손금으로서 손금산입하였고, 피고는 원고에 대한 세무조사에서 이 부분을 특별히 문제삼지 않았다.

다만 원고는 2021. 8. 9. 피고에게 채무자인 소외 2 회사의 파산으로 말미암아 이 사건 공사대금 채권 전부를 회수할 수 없게 되었음을 들어 ‘이 사건 공사대금 채권은 채무자의 파산을 사유로 회수할 수 없는 채권으로서 부가가치세법 제45조에서 정한 대손세액 공제대상에 해당하므로 2021년 1기 부가가치세 7,731,495,327원을 환급하여 달라’는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 같은 해 12. 17. 채무자인 소외 2 회사가 파산절차에 들어가기 이전에 원고가 소외 2 회사로부터 상환받은 이 사건 대여금 상당액을 이 사건 공사대금 채권의 변제에 충당하지 아니한 점을 문제 삼아 ‘소외 2 회사가 상환한 484억 원은 이 사건 공사대금의 일부 변제에 충당된 것으로 보아야 한다’는 이유로, 위와 같은 일부 변제충당 이후에 잔존하였을 공사대금에 관한 부가가치세 4,352,238,355원만 대손세액 공제대상으로 인정하고, 원고가 환급을 구한 나머지 3,379,256,972원에 대한 경정청구는 거부하였다(이하 위와 같이 경정청구가 거부된 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 판단

가. 원심의 판단

1) 원심은 법인세법상 대손금 손금산입 사유와 부가가치세법상 대손세액 공제사유는 서로 동일하지 않음을 전제로 채무자가 파산에 이르게 되었더라도 부가가치세의 발생 원인이 된 채권이 과연 ’회수할 수 없는‘ 상태가 되었는지 여부는, 채무자의 자산상황 및 지급능력, 구체적 거래 내용과 함께 공급받은 자(채무자)가 파산에 이르는 과정에서 공급하는 자(채권자)에게 해당 매출채권에 관한 사실상의 지출을 할 수 있었는지, 이로써 공급하는 자에게 채권회수불능에 대한 회피가능성이 있었는지 등을 종합하여 사회통념에 따라 객관적ㆍ규범적으로 판단하여야 한다고 판시하였다.

2) 그런 다음 원심은, 아래와 같은 이유로 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 공사대금 채권이 부가가치세법 제45조 제1항의 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호에서 말하는 ’채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권‘에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하여, 원고의 청구를 배척하였다.

가) 소외 2 회사는 이 사건 사업 외에는 다른 수입원이 없었고 계속하여 채무초과 또는 자본잠식 상태에 있었으므로, 분양수입 외에 달리 이 사건 공사대금 채권을 회수할 방안이 없다는 점이 이 사건 대여 당시에도 명확하였다.

나) 그럼에도 이 사건 대여 당시 원고는 소외 2 회사에게 분양수입이 생길 경우 이 사건 공사대금 채권보다 이 사건 대여금 채권을 선순위로 하여 변제충당하기로 하는 약정을 체결하였고, 실제로 소외 2 회사가 분양수입을 재원으로 하여 원고에게 지급한 금원을 본래의 이 사건 공사대금 채권에 우선하여 이 사건 대여금 채권의 변제에 충당함으로써 이 사건 공사대금 채권 전부가 대손상각 처리되는 결과가 야기되었다. 이는 소외 2 회사에게 현실적으로 발생하였던 484억 원의 수입을 이 사건 공사대금 채권에 충당하는 방안을 원고 스스로가 포기한 것으로 볼 수 있다.

다) 위와 같이 이 사건 공사대금 채권의 회수를 원고가 스스로 임의 포기한 이상, 객관적ㆍ규범적 관점에서 원고가 이 사건 공사대금 채권을 회수할 가능성 및 그 채권의 회수 불능이라는 결과를 회피할 수 있는 가능성이 없었다고 볼 수 없다. 그러므로 법인세법상 대손금에 해당하는지 여부는 별론으로 하고, 이러한 경우에까지 부가가치세법 제45조에 따른 대손세액 공제를 인정할 수 없다.

나. 대법원의 판단

위와 같은 원심의 판단은 수긍하기 어렵다.

1) 부가가치세법 제45조 제1항의 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호에서 대손세액 공제사유로 규정하는 ’채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권‘이라 함은, 채무자의 파산으로 인하여 그 채권 전부의 회수불능 사실이 객관적으로 확정된 채권을 의미하는 것으로, 납세의무자가 해당 채권의 회수를 임의로 포기한 것이라는 등의 특별한 사정이 없는 한 구체적인 사안에서 채권의 회수불능 사실이 객관적으로 확정되기 이전에 이를 회수할 가능성이 있었다는 사정만으로 그 적용이 부정된다고 할 수는 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5955 판결, 대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).

나) 부가가치세법 제45조 제1항은 “사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 ‘대손세액 = 대손금액 × 110분의 10’의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 ‘대손세액’이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다”고 규정하고 있다. 이러한 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호는, 부가가치세법 제45조 제1항 본문에서의 ‘파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유’ 중 하나로 ‘소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항에 따라 대손금으로 인정되는 경우’를 정하고 있다.

다) 부가가치세법령은 상당 기간 대손세액 공제사유를 법인세법 등의 대손금 인정 사유와는 별도로 규정하고 있다가, 2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항에서 “법 제17조의2 제1항에서 ‘파산ㆍ강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유’라 함은 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제62조 제1항의 규정에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다.”라고 규정하게 되었다. 그 개정 이유는 재화 또는 용역을 공급받은 자의 파산 등으로 인하여 그 외상매출금 등을 회수하지 못하는 경우에 매출세액에서 차감하여 주는 대손세액 공제의 범위를 확대하여 법인세법 및 소득세법상 대손금의 인정범위와 일치시킴으로써 영세한 자영사업자의 자금부담을 완화할 수 있도록 하여 영세자영업자의 경영여건 개선을 지원하기 위한 것이었다. 위와 같이 대손세액의 공제범위를 정하는 방식은 그 후로도 유지되었고, 이에 따라 현행 부가가치세법 제45조 제1항 및 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호는 대손세액 공제를 할 수 있는 개별적인 사유에 관하여 법인세법 시행령 제19조의2 제1항이 규정하는 대손금의 손금산입 사유를 그대로 인용하고 있다.

라) 이러한 입법 형식 및 부가가치세법령의 개정 이유를 감안할 때, 부가가치세법상 대손세액 공제사유와 법인세법상 대손금 손금산입 사유는 동일하므로, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항에 따라 법인세법상 대손금으로 손금산입이 인정될 사유에 해당하는 경우에는, 부가가치세법 제45조 제1항 및 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 각 규정에 따라 부가가치세법상 대손세액 공제 요건 역시 충족된다고 보아야 한다. 양자의 요건을 각기 다르게 취급하는 것은 조세법률주의의 엄격해석 원칙에 반한다.

마) 나아가 법인세법 시행령 제19조의2 제1항은, “법인세법 제19조의2 제1항에서 ’채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권‘이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다“고 규정하면서 제1호부터 제13호까지의 사유를 열거하고 있는데, 그중 제8호는 ”채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권“을 들고 있다. 여기서 ’채무자의 파산으로 인하여 회수할 수 없는 채권‘이라 함은, 손금에 산입하는 사업연도에 채무자의 파산으로 인하여 그 채권 전부의 회수불능 사실이 객관적으로 확정된 채권을 의미하는 것으로, 일단 위 규정에 정하여진 요건사실이 충족되는 한 그에 따라 일률적으로 대손금의 손금 산입 여부가 결정되는 것이 원칙이고, 납세의무자가 해당 채권의 회수를 임의로 포기한 것이라는 등의 특별한 사정이 없는 한 구체적인 사안에서 채권의 회수불능 사실이 객관적으로 확정되기 이전에 이를 회수할 가능성이 있었다는 사유만으로 그 적용이 부정된다고 할 수는 없다.

2) 앞서 본 사실관계와 기록에 나타난 다음과 같은 사정들을 위와 같은 관련 규정 및 법리에 비추어 보면, 소외 2 회사에 파산선고가 이루어짐으로써 원고가 소외 2 회사에 대하여 가진 이 사건 공사대금 채권의 회수가 불가능한 것으로 확정된 이상, 파산 이전에 원고가 소외 2 회사로부터 받은 금원을 이 사건 공사대금 채권이 아닌 이 사건 대여금 채권의 변제에 충당하였다는 사정만으로, 원고가 이 사건 공사대금 채권을 임의로 포기한 것으로 보아 부가가치세법 제45조에 따른 대손세액 공제가 허용되지 않는다고 볼 수 없다.

가) 소외 2 회사에 대하여 2021. 4. 19. 파산선고가 이루어졌는바, 이러한 파산절차를 거친 이후에도 미변제된 상태로 남은 원고의 이 사건 공사대금 채권은 이로써 회수가 불가능함이 객관적으로 확정되었다고 보는 것이 타당하다. 이는 소외 2 회사에 대한 파산선고 이전에, 원고가 소외 2 회사의 분양수입을 재원으로 이 사건 대여금 채권을 먼저 변제충당하기로 하는 약정을 체결한 바 있고, 실제로 이 사건 공사대금 채권보다 이 사건 대여금 채권의 변제에 우선 충당이 이루어졌다고 하더라도, 마찬가지라고 보아야 한다.

나) 원고와 소외 2 회사 사이의 변제충당에 관한 합의를 이 사건 공사대금 채권의 회수 포기로 볼 만한 사정이나 증거도 발견할 수 없다. 막연히 소외 2 회사에 대한 파산선고 이전에 원고가 이 사건 공사대금 채권을 회수할 수 있었다는 가능성만으로, 이 사건 공사대금 채권이 ’채무자의 파산으로 인하여 회수할 수 없는 채권‘에 해당하지 않는다고 할 수는 없다.

다) 또한 앞서 본 바와 같이 법인세법상 대손금으로 손금산입이 인정될 사유에 해당하는 경우에는 부가가치세법상 대손세액 공제 요건 역시 충족된다고 보아야 할 것인바, 피고는 법인세법상 대손금으로 처리된 이 사건 공사대금에 관하여 손금을 부인한 바도 없다.

라) 더욱이 채무자가 동일한 채권자에 대하여 여러 개의 채무를 부담하는 경우에 변제로서 제공한 급부가 그 전부를 소멸하게 하는 데 부족한 때에 그 변제를 어느 채무에 채울 것인지의 변제충당 국면에서, 채권자와 채무자는 계약자유의 원칙에 의하여 제공된 급부를 어느 채무에 어떤 방법으로 충당할 것인지를 자유로이 정할 수 있다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2010다55187 판결 참조). 그러므로 이와 같은 변제충당에 관한 합의로 인하여 직접적으로 사법상 영향을 받는 이해관계인들에 대하여 신의칙에 반하는 결과를 초래한다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 이 사건 공사대금 채권에 먼저 충당하지 않고 원고가 가진 별도의 이 사건 대여금 채권에 충당하기로 하는 원고와 소외 2 회사 간 약정의 사법상 효력이 쉽게 부정되어서는 아니 됨은 물론이고, 이 사건 대여금 채권보다 이 사건 공사대금 채권에 마땅히 먼저 충당하였어야 한다는 등의 당위성을 일방적으로 내세워 과세관청이 이 사건 공사대금 채권과 관련하여 대손세액의 공제 여부 및 그 범위를 임의로 선별하는 것 역시 허용되어서는 아니 된다.

3) 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 공사대금 채권 중 이 사건 대여금 액수에 대응하는 일부에 관하여 부가가치세법상 대손세액 공제의 요건이 충족되지 아니하였다고 보아, 이 사건 처분을 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 부가가치세법상 대손세액 공제에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	오석준

대법관	이흥구

대법관	노경필

주 심 대법관	이숙연