대         법         원

제     1     부

판           결

사       건	2024두49469  법인세등부과처분취소

원고, 피상고인	주식회사 ○○○

소송대리인 법무법인(유한) 율촌

담당변호사 곽태훈 외 3인

피고, 상고인	천안세무서장

소송대리인 법무법인 남산

담당변호사 김남열 외 3인

원 심 판 결	서울고등법원 2024. 6. 19. 선고 2022누30050 판결

판 결 선 고	2024. 12. 12.

주       문

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이       유

상고이유를 판단한다.

1. 제2, 3상고이유에 관한 판단

실지조사결정에 의한 과세표준과 세액의 결정이 불가능하여 추계조사결정할 사유가 있는 경우라 하더라도 합리적이고 타당성 있는 방법에 의하여야 하며, 그와 같은 추계방법의 합리성과 타당성에 관하여는 처분의 적법성을 인정받고자 하는 과세관청이 이를 주장․증명할 책임이 있다(대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두11576 판결 참조).

원심은, 시술 횟수에 시술단가표상 금액을 적용하여 수입금액 누락액을 산정한 부분은 추계조사방법에 해당하는데, 피고가 실지조사와 추계조사를 혼합하여 원고의 수입금액 누락액을 산정하면서 같은 항목을 중복하여 과다 산정하였고, 그 추계조사방법 자체도 시술단가표상 금액을 확인할 수 없는 시술에 대하여 임의의 가격을 적용하여 계산한 경우가 다수 포함되어 있는 등 합리적이고 타당성이 있다고 보기 어렵다는 이유로 피고의 이 부분 과세표준 산정방식이 위법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞에서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심 판단에 상고이유 주장과 같이 과세요건 사실 및 추계조사방법의 합리성에 대한 증명책임에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

2. 제4상고이유에 관한 판단

원심은 그 판시와 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 재화 또는 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 소외 1 회사, 소외 2 회사에 허위의 세금계산서를 발급하였음이 증명되지 않았다고 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심 판단에 상고이유 주장과 같이 가공세금계산서의 판단기준에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 제1상고이유에 관한 판단

가. 관련 법리

과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 등 참조).

나. 정당한 세액이 산출되는 경우인지 여부에 관한 판단

기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

1) 피고는 제1심에서 이 사건 쟁점인 수입금액 누락(① 처분사유), 가공세금계산서발급(③ 처분사유) 관련 원고 주장을 모두 받아들일 경우에 대비하여 정당세액 계산 내역을 기재한 2021. 6. 4. 자 참고서면(이하 ‘이 사건 참고서면’이라 한다)을 제출하였다. 이 사건 참고서면에는 정당세액 산정의 근거자료로서 해당 과세기간의 수입금액과 부가가치세의 과세표준을 산정한 내역 및 산출된 정당세액이 기재된 재경정결의서, 해당 귀속연도의 소득자별 소득금액 변동내용이 기재된 소득금액변동통지서 등이 첨부되어 있다.

2) 이 사건 참고서면은 2021. 6. 8. 원고에게 송달되었고, 같은 날 제1심은 이 사건 처분 중 이와 같이 산정한 정당세액을 초과하는 부분을 취소하는 내용의 조정권고를 하였다. 원고는 이러한 조정권고에 동의하였으나 피고는 부동의하여 조정이 이루어지지 않았다.

3) 이후 피고는 제1심에서 ③ 처분사유 관련 원고 주장을 받아들일 경우에 대비하여 정당세액 계산 내역을 기재한 2021. 11. 29. 자 참고서면을 제출하였다. 제1심은 이와 같이 산정된 정당세액에 기초하여 피고의 2012년 2기분부터 2014년 2기분까지 부가가치세 부과처분 중 정당세액을 초과하는 부분을 취소하는 판결을 선고하였다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원심은 피고가 사실심 변론종결시까지 제출한 자료에 의하여 정당한 세액을 심리․산정할 수 있었다고 봄이 타당하다.

원심은 이 사건 처분사유 중 일부(①, ③ 처분사유)만이 위법하다고 보면서도 정당한 세액을 산출하지 아니한 채 이 사건 처분과 이 사건 소득금액변동통지 전부를 취소하였다(특히 소득자를 정원주로 한 소득금액변동통지 부분은 ①, ③ 처분사유와 아무런 관련도 없다). 이러한 원심판결에는 과세처분의 취소범위에 관한 법리를 오해하여 정당세액에 대한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다. 이를 지적하는 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 결론

원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	서경환

대법관	노태악

대법관	신숙희

주 심 대법관	노경필