대         법         원

제     1     부

판           결

사       건	2019두58346  법인세등부과처분취소

원고, 상고인 겸 피상고인

농업협동조합중앙회

소송대리인 법무법인(유한) 율촌

담당변호사 강석훈 외 3인

피고, 피상고인 겸 상고인

남대문세무서장

소송대리인 법무법인 남산

담당변호사 손유정 외 3인

원 심 판 결	서울고등법원 2019. 10. 23. 선고 2019누36454 판결

판 결 선 고	2022. 7. 28.

주       문

상고를 모두 기각한다.

상고비용 중 원고의 상고로 인한 부분은 원고가, 피고의 상고로 인한 부분은 피고가 각 부담한다.

이       유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유에 따르면 다음 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 농업협동조합법에 의해 설립된 비영리법인이다.

나. 피고는 2013. 11. 5. 다음과 같은 처분사유 등으로 원고에게 2008 내지 2011 사업연도 각 법인세(가산세 포함)를 경정․고지하였다(피고는 이후 위 각 법인세를 일부 감액하였다).

1) 원고는 회원인 지역조합과 품목조합(이하 ‘회원조합’이라 한다)이 소속 조합원 등과의 공제계약에 따라 부담하는 공제책임을 인수하는 재공제사업을 영위하면서 2008 내지 2011 사업연도에 재공제사업에서 발생한 이익금 중 합계 약 970억 원(이하 ‘이 사건 재공제이익수수료’라 한다)을 재공제이익수수료 명목으로 회원조합에 배분하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이는 잉여금의 처분에 해당하므로 이 사건 재공제이익수수료는 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 따라 손금에 산입될 수 없다(제1처분사유).

2) 원고는 2008 내지 2011 사업연도에 62명의 채무자들에게 합계 약 110억 원의 대출이자(이하 ‘이 사건 이자’라 한다)를 감면하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 이자 감면액은 접대비에 해당하므로 접대비 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(제2처분사유).

3) 원고는 한국채택국제회계기준 도입을 위한 시스템을 구축하면서 개발팀을 조직하였는데, 2008, 2010 및 2011 사업연도에 개발팀 소속 근로자들에게 인건비(이하 ‘이 사건 인건비’라 한다)를 지급하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 인건비는 감가상각자산인 개발비에 해당하므로 감가상각 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(제3처분사유).

4) 원고는 금융리스 방식으로 공과금수납기 1,864대를 취득하여 지역조합에 설치한 후 2009 내지 2011 사업연도에 리스회사에 합계 약 50억 원의 리스료(이하 ‘이 사건 리스료’라 한다)를 지급하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 리스료는 접대비에 해당하므로 접대비 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(주위적 제4처분사유).

다. 피고는 원심에서 ‘원고가 특수관계에 있는 지역조합을 대신하여 이 사건 리스료를 지급한 것은 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다’는 처분사유를 예비적으로 추가하였다(예비적 제4처분사유).

2. 원고의 상고이유에 관한 판단

가. 이 사건 재공제이익수수료의 손금산입 가부(제1, 2 상고이유)

1) 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조는 제1항에서 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”라고 규정하고, 제2항에서 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제20조 제1호는 ‘결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.

2) 원심은 아래와 같은 이유 등을 들어 원고가 회원조합에 배분한 재공제이익수수료는 구 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의해 손금불산입 대상이 되는 잉여금의 처분에 해당하므로, 같은 취지의 제1처분사유는 적법하다고 판단하였다.

가) 원고는 회원조합에 공제상품 판매의 대가로 판매수수료를 지급하였다. 그런데 원고는 전체 공제사업에서 이익금이 발생하는 경우에 한하여 재공제이익수수료를 별도로 지급하였고, 재공제사업의 구조상 재공제이익수수료의 지급 상대방은 출자자인 회원조합에 국한된다.

나) 사업이용실적에 따른 잉여금의 배분이라는 측면에서 이른바 이용고배당과 재공제이익수수료의 배분 사이에 아무런 차이가 없음에도 이용고배당은 잉여금의 처분으로 보고 재공제이익수수료의 배분은 잉여금의 처분이 아니라고 보는 것은 불합리하다.

다) 원고와 회원조합이 체결한 재공제계약과 민영 재보험사와 민영 보험사가 체결한 재보험계약은 그 성격이 본질적으로 달라 재공제이익수수료를 재보험이익수수료와 같이 매출에누리나 판매부대비용으로 볼 수 없다. 민영 재보험사는 재보험사업을 영위하면서 손실을 입더라도 개별 재보험계약별로 이익이 발생하는 경우에는 정해진 요율에 따라 재보험이익수수료를 지급하는 반면에, 원고는 공제사업을 영위하면서 손실을 입을 경우에는 개별 재공제계약별로 이익이 발생하더라도 재공제이익수수료를 지급하지 않는다는 점에서 더욱 그러하다.

라) 원고는 스스로 회원조합이 체결할 공제상품을 개발하고 자신의 업무처리 지시에 따라 회원조합이 체결한 공제계약에 따른 공제책임을 전부 인수하므로, 수익성이 높은 공제계약에 따른 공제책임만 선별하여 인수하기 위하여 회원조합에 별도의 수수료를 지급하는 등의 노력을 할 필요가 없다. 따라서 재공제이익수수료는 재공제사업의 수익과 직접 관련된 것으로 볼 수 없다.

3) 원심판결 이유를 앞에서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 잉여금 처분의 의미, 손비의 요건 및 재공제이익수수료의 성격에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

나. 이 사건 이자 감면액 전액의 손금산입 가부(제3, 4 상고이유)

1) 원심은, 원고가 62명의 채무자들로부터 대출채권을 회수하기 위해서는 이 사건 이자를 포기할 수밖에 없을 정도로 해당 대출채권의 회수가능성이 지극히 낮았음을 인정할 증거가 부족하다는 등의 이유로, 이 사건 이자 감면액을 접대비로 보고 접대비 한도초과액을 손금에 산입하지 않은 제2처분사유가 적법하다고 판단하였다.

2) 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 손비와 접대비의 요건, 조세법률주의에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

3. 피고의 상고이유에 관한 판단

가. 이 사건 인건비 전액의 손금산입 가부(제1, 2 상고이유)

1) 구 법인세법 제23조는 제1항 본문에서 “고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘상각범위액’이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고, 제3항에서 ‘제1항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다’고 규정하고 있다(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 구 법인세법 및 2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 구 법인세법 제23조 제1항, 제2항도 같은 취지이다). 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항은 “법 제23조 제3항에서 ‘건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산’이란 다음 각 호의 고정자산(이하 ‘감가상각자산’이라 한다)을 말한다.”라고 규정하고, 그 제2호 (바)목(이하 ‘이 사건 개발비 규정’이라 한다)에서 개발비를 감가상각자산의 하나로 정하면서 ‘상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는 데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것’으로 정의하고 있다(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 구 법인세법 시행령의 같은 조항도 같은 취지이다).

한편 구 법인세법 시행령 제31조 제1항(이하 ‘이 사건 즉시상각의제 규정’이라 한다)은 ”법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.“라고 규정하고 있다.

2) 위 각 규정의 문언과 체계 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 즉시상각의제 규정의 적용 대상인 감가상각자산은 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 각 호의 고정자산을 의미한다. 그런데 이 사건 개발비 규정에 의하면 위 규정에서 정한 비용을 당해 법인이 개발비로 계상한 경우에만 감가상각자산인 개발비가 될 수 있다. 따라서 당해 법인이 이 사건 개발비 규정에서 정한 비용을 지출하였더라도 개발비로 계상하지 않은 경우에는 위 규정에 따른 감가상각자산을 취득하였다고 볼 수 없고, 이에 대하여 이 사건 즉시상각의제 규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금에 산입하지 않는 것은 허용될 수 없다.

3) 원심은, 법인이 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 모두 갖추었음이 명백한 비용을 개발비로 회계처리하지 않고 영업비용으로 회계처리하였다는 특별한 사정이 존재하지 않는 이상, 과세관청이 함부로 이를 감가상각자산인 개발비로 취급하는 것은 허용될 수 없다고 전제하였다. 그런 다음 원심은, 이 사건 인건비가 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 모두 갖추었음이 명백하지 않다는 이유로, 이 사건 인건비 중 감가상각 한도초과액에 해당하는 부분을 손금에 산입하지 않은 제3처분사유가 위법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞에서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이 부분 이유 설시에 다소 미흡한 부분이 있지만, 제3처분사유가 위법하다고 판단한 원심의 결론은 정당하다. 원심판결에 상고이유 주장과 같이 법인세법상 개발비 처리 및 증명책임에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

나. 이 사건 리스료 전액의 손금산입 가부(제3 내지 5 상고이유)

1) 주위적 제4처분사유의 적법 여부

피고의 이 부분 상고이유 주장은 원심의 판단과는 달리 원고가 지방자치단체의 금고로 지정되기 위해 지역조합에 공과금수납기를 설치한 것이 아니라는 취지인데, 이는 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택과 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유로 볼 수 없다.

2) 예비적 제4처분사유의 적법 여부

원심은, 원고가 금고 지정에 필요한 기준을 충족시켜 지방자치단체의 금고로 지정되기 위해 지역조합에 공과금수납기를 설치하였다는 등 그 판시와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 지역조합을 대신하여 이 사건 리스료를 지급한 것이 경제적 합리성이 없는 행위라고 볼 수 없다는 이유로, 이와 다른 전제에 선 예비적 제4처분사유가 위법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 법인세법상 부당행위계산 부인에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

4. 결론

그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 각 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	오경미

대법관	박정화

주 심 대법관	김선수

대법관	노태악