대         법         원

제     2     부

판           결

사       건	2017두72256  법인세등부과처분취소

원고, 상고인	주식회사 다판다

소송대리인 법무법인 의암

담당변호사 최성호

피고, 피상고인	역삼세무서장

소송대리인 법무법인(유한) 화우

담당변호사 박영웅 외 2인

원 심 판 결	서울고등법원 2017. 11. 8. 선고 2017누35044 판결

판 결 선 고	2021. 12. 30.

주       문

원심판결 중 2004년 제1기 내지 2008년 제2기 각 부가가치세(가산세 포함) 부분 및 2009년 제1기 내지 2013년 제2기 각 부가가치세 가운데 부정과소신고가산세 부분을 모두 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

나머지 상고를 기각한다.

이       유

상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

가. 원고는 화장품 제조 및 판매업 등을 하는 법인이다. 주식회사 아이원아이홀딩스(이하 ‘아이원아이홀딩스’라 한다)는 경영컨설팅 서비스를 제공하는 법인으로 원고의 주주이고, 소외 1은 원고와 아이원아이홀딩스의 주주이며, 망 소외 2는 소외 1의 아버지로 아이원아이홀딩스를 실질적으로 지배하였다.

나. 원고는 소외 1과 상표권의 전용사용권설정계약(이하 ‘이 사건 사용계약’이라 한다)을 체결하고 2004년부터 2013년까지 소외 1에게 사용료 명목으로 합계 1,495,057,566원(부가가치세 별도, 이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)을 지급하였고, 아이원아이홀딩스와 경영자문 용역계약(이하 ‘이 사건 자문계약’이라 한다)을 체결하고 2007년부터 2013년까지 아이원아이홀딩스에 자문료 명목으로 합계 485,545,440원(부가가치세 별도, 이하 ‘이 사건 자문료’라 한다)을 지급하였다. 또한 원고는 소외 2와 고문위촉 계약을 체결하고 2011년부터 2013년까지 소외 2에게 고문료 명목으로 합계 540,000,000원(부가가치세 별도, 이하 ‘이 사건 고문료’라 한다)을 지급하였다.

다. 피고는 이 사건 사용료, 자문료 및 고문료가 모두 실제 용역 등의 공급 없이 지급된 가공의 비용이라고 보아 그 손금 산입을 부인하고, 이와 관련하여 원고가 발급받은 세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 그 매입세액 공제를 부인하여, 2014. 7. 1. 원고에게 2004 사업연도 내지 2013 사업연도 각 법인세(부정과소신고가산세 등 가산세 포함)와 2004년 제1기 내지 2013년 제2기 각 부가가치세(부정과소신고가산세 등 가산세 포함)를 경정ㆍ고지하였다(이하 순차로 ‘이 사건 법인세 부과처분’, ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 이들을 합쳐 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다). 또한 피고는 같은 날 원고에게 이 사건 사용료 상당액을 소외 1에 대한 2005년 내지 2014년 귀속 각 배당소득으로, 이 사건 고문료 상당액을 소외 2에 대한 2012년 내지 2014년 귀속 각 기타소득으로 소득처분하는 내용의 각 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다.

2. 가공비용 해당 여부 등에 관한 상고이유에 대한 판단

원심은 그 판시와 같은 이유로, 이 사건 사용료는 상표권을 사용하는 대가로 지급된 것이 아니라 소외 1에게 자금을 지원하기 위하여 지급된 것이고, 원고가 아이원아이홀딩스로부터 이 사건 자문계약에 부합하는 용역을 공급받았다고 보기 어려우므로, 이 사건 사용료와 자문료는 모두 가공비용에 해당하고, 이와 관련하여 원고가 발급받은 세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 형사판결의 증명력, 법인세법상 손금의 판단기준 등에 관한 법리를 오해하거나 판단을 누락하는 등의 잘못이 없다.

3. 이 사건 각 부과처분에 관한 나머지 상고이유에 대한 판단

가. 장기부과제척기간 및 부정과소신고가산세 관련 상고이유에 대하여

1) 관련 규정

구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세․증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 ‘사기 기타 부정한 행위’로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 ‘당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항 제1호, 제2호는 납세의무자가 ‘부정행위’로 법인세의 과세표준을 과소신고한 경우와 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우에는 중과세율을 적용하여 가산세를 부과하도록 규정하고 있다(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호, 제2호도 같은 취지이다. 이하 위 각 국세기본법을 구분하지 않고 ‘구 국세기본법’이라 한다).

2) 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

원심은 그 판시와 같은 이유로 원고가 이 사건 사용계약과 자문계약을 체결하고 그에 따라 지급한 이 사건 사용료와 자문료를 손금에 산입한 행위는 장기부과제척기간과 부정과소신고가산세가 적용되는 ‘사기 기타 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당한다고 보아 이 사건 법인세 부과처분이 모두 적법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 장기부과제척기간과 부정과소신고가산세의 적용 요건인 ‘사기 기타 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3) 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

가) 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’나 제47조의3 제2항 제2호에서 규정한 ‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 등 참조).

나) 기록에 의하면, 소외 1, 아이원아이홀딩스 및 소외 2가 이 사건 사용료, 자문료 및 고문료에 관한 부가가치세를 모두 신고ㆍ납부하였고, 이후 환급받지 않았음을 알 수 있다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 사실과 다른 세금계산서로 이 사건 사용료 등에 관한 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라고 인식하였다고 보기 어렵다. 따라서 원고가 위와 같이 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 공제받은 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 및 제47조의3 제2항 제2호에 규정된 ‘사기 기타 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당한다고 볼 수 없다. 결국 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2004년 제1기 내지 2008년 제2기 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)은 5년의 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하고, 2009년 제1기 내지 2013년 제2기 각 부가가치세 부과처분 가운데 부정과소신고가산세 부분 역시 위법하다.

다) 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 이 사건 부가가치세 부과처분이 모두 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 부가가치세와 관련하여 장기부과제척기간과 부정과소신고가산세의 적용 요건인 ‘사기 기타 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

나. 부가가치세 매입세액 공제 관련 상고이유에 대하여

1) 이 부분 상고이유는 소외 1, 아이원아이홀딩스 및 소외 2가 신고ㆍ납부한 이 사건 사용료 등에 관한 부가가치세를 경정청구 기간의 경과 등의 이유로 환급받을 수 없게 된 이상 원고는 그 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있다는 취지이다.

2) 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 부가가치세법 제17조 제2항 제2호도 같은 취지이다). 이처럼 세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 매입세액의 공제를 허용하지 않는 것은 부가가치세 제도 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성을 담보하기 위한 제도적 장치이다. 따라서 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 신고․납부한 부가가치세를 종국적으로 환급받지 못하게 되었다고 하더라도 그 세금계산서를 발급받은 자는 위 규정에 따라 해당 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 없다고 보아야 한다.

3) 원심은 같은 취지에서 이 사건 사용료, 자문료 및 고문료와 관련하여 원고가 발급받은 세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 부가가치세 매입세액 공제에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

4. 이 사건 소득금액변동통지에 관한 나머지 상고이유에 대한 판단

가. 소외 2의 사망 관련 상고이유에 대하여

1) 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어 이 사건 소득금액변동통지에 따른 소외 2의 기타소득에 대한 소득세 납세의무가 소득금액변동통지일 이전에 이미 성립하였다고 본 다음, 이 사건 소득금액변동통지 중 소외 2를 소득의 귀속자로 하는 부분은 유효하게 성립한 원천납세의무자의 소득세 납부의무를 전제로 하는 것으로서 적법하다는 이유로, 소외 2가 소득금액변동통지일 전에 사망하였으므로 위 소득금액변동통지는 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다.

2) 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 소득금액변동통지 전 원천납세의무자의 사망과 원천징수의무의 성립에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

나. 소외 1과 소외 2의 종합소득세 등 신고․납부 관련 상고이유에 대하여

1) 소득세법 제155조의 적용 여부

가) 소득세법 제155조는 “제127조 제1항 각 호의 소득으로서 발생 후 지급되지 아니함으로써 소득세가 원천징수되지 아니한 소득이 종합소득에 합산되어 종합소득에 대한 소득세가 과세된 경우에 그 소득을 지급할 때에는 소득세를 원천징수하지 아니한다.”라고 규정하고, 제127조 제1항은 소득을 지급하는 자에게 소득세 원천징수의무가 발생하는 소득의 하나로 ‘배당소득’(제2호)과 ‘기타소득’(제6호)을 들고 있으며, 제17조 제1항 제4호는 배당소득의 하나로 ‘법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액’을, 제21조 제1항 제20호는 기타소득의 하나로 ‘법인세법 제67조에 따라 기타소득으로 처분된 소득’을 정하고 있다. 소득세법 제155조는 소득이 지급되지 아니한 가운데 소득의 귀속자에게 종합소득세가 부과되었으나 그 후 소득이 지급된 경우 이중의 부과를 방지하기 위하여 원천징수를 배제하려는 취지의 규정이다(대법원 1980. 4. 22. 선고 79누387 판결 참조).

나) 기록에 의하면, 소외 1과 소외 2는 이 사건 사용료와 고문료에 대한 소득처분이 이루어지기 전에 각각 이 사건 사용료와 고문료의 일부를 사업소득으로 종합소득에 합산하여 종합소득세를 신고ㆍ납부한 사실을 알 수 있다. 이처럼 소외 1과 소외 2가 종합소득세를 신고ㆍ납부한 이후 비로소 이 사건 사용료와 고문료에 대한 소득처분이 이루어진 이상, 소외 1과 소외 2가 소득세법 제17조 제1항 제4호에서 정한 배당소득인 ‘법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액’이나 제21조 제1항 제20호에서 정한 기타소득인 ‘법인세법 제67조에 따라 기타소득으로 처분된 소득’을 종합소득에 합산하여 종합소득세를 신고하였다고 볼 수는 없으므로, 소외 1과 소외 2가 위와 같이 종합소득세를 신고ㆍ납부하였더라도 위 소득처분에 따른 배당소득 및 기타소득과 관련하여 소득세법 제155조에서 정한 ‘소득이 종합소득에 합산되어 종합소득에 대한 소득세가 과세된 경우’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소득금액변동통지에 따른 원고의 소득세 원천징수의무가 소득세법 제155조에 의하여 배제된다고 할 수 없다.

다) 원심의 이유 설시에 일부 적절하지 않은 부분이 있기는 하나, 위 배당소득과 기타소득에 관하여는 결과적으로 소득세법 제155조가 적용되지 않는다고 본 원심의 결론은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 소득세법 제155조에서 규정한 원천징수의 배제에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

2) 원천납세의무의 소멸 여부

소외 1과 소외 2가 각각 이 사건 사용료와 고문료의 일부를 사업소득으로 종합소득에 합산하여 종합소득세를 신고ㆍ납부한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그런데 이 사건 사용료와 고문료는 앞서 보았듯이 가공의 거래로 지급받은 것에 불과하여 소외 1과 소외 2에게 이에 관한 사업소득이 발생하였다고 할 수 없고, 사업소득의 발생을 전제로 하는 종합소득세 납세의무도 성립하였다고 할 수 없다. 따라서 소외 1과 소외 2가 이 사건 사용료와 고문료의 일부를 사업소득으로 하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하였더라도 그에 관한 종합소득세 납세의무가 소멸하였다고 볼 수 없고, 나아가 위 사업소득과는 별개인 소득처분에 따른 배당소득이나 기타소득에 대한 소외 1과 소외 2의 각 소득세 원천납세의무가 소멸한다고 볼 수도 없다. 이와 다른 전제에서 위 배당소득이나 기타소득에 대한 소외 1과 소외 2의 각 소득세 원천납세의무가 소멸하였고, 이에 따라 그에 대응하는 원고의 소득세 원천징수의무 역시 소멸하였다는 취지의 상고이유 주장은 이유 없다.

5. 결론

그러므로 원심판결 중 2004년 제1기 내지 2008년 제2기 각 부가가치세(가산세 포함) 부분 및 2009년 제1기 내지 2013년 제2기 각 부가가치세 가운데 부정과소신고가산세 부분을 모두 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	천대엽

대법관	조재연

주 심 대법관	민유숙

대법관	이동원